何美玥說：
「那第二個簽呈呢，是在談判的這個過程，
我們必須要讓行政院知道現在的情況，
它不是一個決定的事情，因為那個談判還繼續在進行，
所以通常這個只要報到副院長就可以了。」
誠如前述：倘若蘇貞昌院長曾經在「第一份公文」（2007年2月9日發，2月15日批核）中批核授權蔡英文副院長逕自處理後續事宜，則何美玥主委這樣作就是合法的。但單就這兩件公文而言，蘇貞昌院長並沒有作過這樣的授權。（也許蘇貞昌院長有在其它公文中授權，又或者曾在行政院會議中口頭裁示過。這就不知道了。）
倘若蘇貞昌院長並未作此授權，則蔡英文副院長就沒有對此案作決定的權力。那麼，在道理上，何美玥主委對這個案子的內情，應該還是要報告給蘇貞昌院長知道。畢竟「首長決行」是行政機關公文運作的標準作法。
在蘇貞昌院長批核決行「第一份公文」後，翁啟惠獲得了授權開始與美商Genentech公司進行談判。談判結果不如預期順利，於是翁啟惠便與何美玥商談針對變局的因應「對案」原則。
根據「第二份公文」：
「本案合作條件超出預期太多，
非原翁院長估算第一階段50M美元足以支應，
翁院長正與何院士、陳院士及Pat Yang
研商如何提出我方之對案（counter offer），
本案將俟翁院長提出對案，確定對方之底線後，
再簽報最後之結果。
……
職業已於3/19與翁院長以電話連絡，
職認為所提出之「對案」，在第一階段（研發階段）可以不獲利，
但包含第二階段（生產階段）在內，
整體計劃一定要有獲利的可能性，
否則無法邀請民間業者參與。
翁院長同意此看法，正依此原則規劃中。」
這個「對案」，何美玥認為「研發階段可以不獲利」，而翁啟惠也同意這樣的看法。因此何美玥主委單獨上了「第二份公文」（2007年3月21日）給蔡英文副院長。
何美玥上的這個「第二份公文」，就是爭論的重點所在。
首先，A它在主旨上，用了「鑒察」的字樣，標明它只是一種對上級長官的案情說明簽呈；其次，B它是由何美玥主委單獨呈給蔡英文副院長的公文；接著，C何美玥主委針對談判因應的「對案」原則，提出了若干建議；最後，D蔡英文對此「二份公文」簽了名，但未作任何批示。
在這三點當中，AC兩點問題較小，BD的問題比較大。
便箋、簽呈因為是機關內部公文，所以內容的彈性很大。何美玥若認為這個「第二份公文」只是一個進度報告，確實可以在主旨使用「鑒察」的字眼。這沒什麼問題。
何美玥主委在這份報告談判進度的簽呈中，提出了個人對於處理此事的建議。她這樣作並不違反公文的慣例。這也沒什麼問題。
這份公文雖然寫明呈給蔡英文副院長，但倘若蔡英文副院長對此案並無批核決行的權力，一般來說，她會採取下列兩種回應方式之一：
一、、不簽名也不批示，將這「第二份公文」退回何美玥主委，同時附上便條紙說明自己沒有批核決行的權力，並建議何美玥主委重發一份「敬呈院長」的簽呈。
二、簽名並批示意見，尤其要批示「此案轉呈院長鑒察」字樣，然後將這「第二份公文」直接送給蘇貞昌院長。
然而，根據我們現在看到的這「第二份公文」，蔡英文副院長既未將公文退回何美玥主委，也沒將公文轉呈給蘇貞昌院長，而選擇了第三種回應方式：「簽名，但未作批示」。
「簽名」，表示蔡英文同意何美玥「研發階段可以不獲利」的建議。
「未將公文退回」與「未作批示」，表示她不僅認為這「第二份公文」確實是呈給自己看的，而且還〝只需要〞呈給自己看就好。
換句話說：儘管我們不知道蘇貞昌院長是否真有授權蔡英文副院長逕自處理宇昌案後續事宜，但蔡英文本人顯然認定：自己在此案上，確實擁有批核決行的權力。
然而，蔡英文究竟憑什麼這樣認定呢？
當然，蘇貞昌院長可能真的曾經有在別的公文中，授權蔡英文副院長逕自處理後續事宜。然而，根據常理研判：既然對宇昌案的批准首見於「第一份公文」中，則蘇貞昌院長若真對蔡英文副院長作此授權，其授權必然〝晚〞於「第一份公文」之後；而且，其授權絕對不會超出「第一份公文」的範。
因為「第一份公文」是蘇貞昌院長最正式的書面指示，除非蘇貞昌院長事後另外作了別的指示，不然都應該以「第一份公文」的內容為準。
然而，翁啟惠經過初步談判後，發現美商提出的新條款比事前預料的苛，我方後續必須負擔的費用，也比事前預料的要多。這些變化，顯然已經超出蘇貞昌院長在「第一份公文」裡給予翁啟惠的授權範圍；也因此，翁啟惠才會馬上將美商的新條款向何美玥回報。
既然美商的新條款已經超出蘇貞昌院長「第一份公文」對翁啟惠的授權，何以何美玥主委居然沒有想到要把最新的變局回報給直屬長官知道？（若她有意讓蘇貞昌院長知道此事，她「第二份公文」就會寫明「敬呈院長」而非「敬呈副院長」了。）
再者，何以蔡英文副院長居然不認為此事有必要向蘇貞昌院長報告，而可以單獨由她個人便可決斷？（若她有意讓蘇貞昌院長知道此事，她就會要求何美玥主委的「第二份公文」寫明「敬呈院長」，或是自己在文上批示「轉呈院長」了。）
或許有人認為：根據何美玥「第二份公文」判讀，顯然之後還會有另一個「第三份公文」（它可以是一份公文，也可以是多份不同時間的公文），用以報告翁啟惠再對美商提出「對案」後，雙方第二次談判的內容與進度。既然如此，何美玥主委自可透過「第三份公文」將我方與美商的談判結果，一併呈報蘇貞昌院長即可。
這種看法不是沒有道理，但仍然有爭議。
首先，我們目前尚未看到這個所謂「第三份公文」的內容為何，因此要若要憑藉一個未必存在的東西來解讀何美玥的想法，未免太過不靠譜。也許未來「第三份公文」內容曝光後，可以就此議題提供許多研究的材料；但目前我們只能根據已經解密曝光的這兩份公文來判斷。
其次，誠如前述：目前單就這已經解密曝光的這兩份公文而言，完全沒有證據顯示「蘇貞昌對蔡英文另有授權」，因此何美玥的「第二份公文」自始就不應該「敬呈副院長」。無論何美玥「敬呈副院長」的居心或考量為何，既然她在「第二份公文」這個「談判的進度報告」上認為應該「敬呈副院長」，則其後作為「談判進度暨結果報告」的「第三份公文」，又有什麼理由不是「敬呈副院長」而是「敬呈院長」呢？
再者，何美玥在「第二份公文」中，曾提出她個人針對我方「對案」的建議。
一般而言，下屬在簽呈中提出關於業務的建議，自然是請示長官參考建議並作出決定；長官的決定可能會接受下屬的建議，但也可能不會接受其建議。無論如何，決定的權力在長官，下屬只是就業務承辦經管人員的立場，提出建議供長官在作決定時的參考罷了。
我們知道：蔡英文最後在「第二份公文」上簽名但未作批示。就一般公文的運作流程而言，有決行權限的長官，一旦在公文上簽了名，卻未作反對之批示，就代表長官同意承辦人員的擬辦建議；換句話說：何美玥就「對案」原則提出了建議，而蔡英文對此作出「同意」的批示。
但問題是：假設蔡英文自始就沒有決行該公文的權限，而翁啟惠卻又依照蔡英文所同意的何美玥的建議原則去擬「對案」；萬一這個「對案」導致我方與美商的談判破裂，則這到底是誰的責任？
顯然不該是翁啟惠的責任。畢竟，翁啟惠事前請示過何美玥，之後也依照何美玥建議、蔡英文同意的原則去擬「對案」；若是因此談判破裂，責任似乎也不是在翁啟惠的身上。
那麼，到底該是誰的責任？是何美玥的責任？蔡英文的責任？還是兩個人都有責任？亦或，最後會變成是並未看過這「第二份公文」的蘇貞昌的責任？
這個責任問題之所以重要，是因為它直接涉及到「談判條款事後是否會被承認」的問題。
「正式獲得政府授權」的談判代表所簽訂國際條約，都可能在事後因為內容不為國家所接受而被國家拒絕承認（例如《璦琿條約》與《里瓦幾亞條約》），更何況談判代表是「未經授權」者，或是「在某某條件的範圍內獲得授權」者？
何美玥的這個「第二份公文」並不只是單純的「談判進度報告」而已，它不僅報告了美商的要求超出翁啟惠等人最初的預期，也提出了何美玥關於「對案」的原則。
然而，倘若今天美商的要求，或是翁啟惠等提出「對案」的內容，直接違反了蘇貞昌於「第一份公文」所設下的「五條件」（a.新公司資本額約五千萬美元、b.新公司設在臺灣、c.新公司可給予美商10%以內的技術股份、d.臨床實驗在臺灣及美國同步進行、e.臨床實驗成功後的大量〔2萬公升或以上〕生產工廠必須設在臺灣），則根據「第一份公文」，國家發展基金就不會出資參與投資。
但是若單從何美玥的「第二份公文」內容來看，實在無從判斷翁啟惠與美商的談判是否有違反「五條件」，更無從判斷翁啟惠當時尚未提出的「對案」，會不會違反前述「五條件」。
既然「第一份公文」所批核的是「若合乎該五條件，則我方才出資」，則何美玥與蔡英文難道不覺得，他們有義務確認清楚「若為了滿足美商的要求，則宇昌生技確實可以擔保滿足「五條件」；因為，若是選擇與美商合作的宇昌生技，若無法滿足「五條件」，則根據蘇貞昌院長的批核指示，國家發展基金就不會投資宇昌生技。
正因為如此，即便蔡英文副院長真的有權逕自決定後續事宜（假設蘇貞昌院長確實曾經如此授權），常理上她也應該會向蘇貞昌院長作最新情形的報告（例如將何美玥主委的「第二份公文」轉呈給蘇貞昌院長），並進一部確認這些新的變動，是否仍然適用蘇貞昌院長「第一份公文」的批示；因為美商新提出的條款，有可能直接推翻「第一份公文」所謂的「三個前提」。
然而，當時蘇貞昌院長還在任上，而且何美玥主委上呈「第二份公文」的時候（2007年3月21日），翁啟惠他們還要再進一步向美商提出「對案」，展開第二階段的談判；所以此時恰恰正是更應該向蘇貞昌院長報告，請蘇貞昌院長再次思考「若合作的代價如此昂貴，我方是否非要跟美商合作不可？」這個問題；如果非得跟美商合作不可，則「第一份公文」所設定的「三個前提」是不是應該放寬一下？
畢竟，國家發展基金花錢投資宇昌生技，目的是為了提昇我國的生技上、中、下游產業鏈。倘若有別的方式也能達成相同目的，但代價更少、更划算，行政院絕無理由非要堅持順著翁啟惠、何大一的想法，非買TNX-355的專利授權不可。
孫子兵法云：「多算勝，少算不勝，而況於無算乎？」這個道理不只適用於戰場上，也適用於治國上。
「TNX-355的專利授權是不是非買不可？」這個問題的答案，直接關係到「我方是否有必要接受美商的勒索不可」的問題。這個問題很複雜，因此需要有經驗的政治領袖，廣泛聽取各界專家的意見，才有可能作出最好的判斷。
然而，倘若政治領袖的下屬，居然但憑己意地就片面壟斷了有價值的資訊與情報，則政治領袖再怎樣有經驗、有智慧，所能作出的也只會是過時的判斷。
所以，哪怕蘇貞昌院長確實曾經授權蔡英文副院長逕自處理宇昌案後續事宜，但倘若蔡英文副院長真心忠於國家、忠於職守，她必然還是會將這類最新資訊報告給蘇貞昌院長知道──因為蘇貞昌才是那個真正對全體國民負最後政治責任的行政院長，而她蔡英文只不過是蘇內閣中的副手閣員而已。
但顯然，何美玥與蔡英文都認為：這些更新的資訊完全不需要讓身為上級長官而且負擔一切政治責任的蘇貞昌知道，而只要由蔡英文這個副首長作決定即可。
這到底是何美玥膽大妄為？還是蔡英文太過自我中心？
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