若根據已知事實，我們可以畫出下列甲乙丙丁的時間線：
甲：2007年2月9-15日，蘇貞昌於「第一份公文」中，同意「五條件」範圍內，授權翁啟惠與美商Genentech談判（a.新公司資本額約五千萬美元、b.新公司設在臺灣、c.新公司可給予美商10%以內的技術股份、d.臨床實驗在臺灣及美國同步進行、e.臨床實驗成功後的大量〔2萬公升或以上〕生產工廠必須設在臺灣）；
乙：2007年3月14日，美商在初次談判中，提出了超出「五條件」範圍甚多的提出談判條款（我方在簽約時，新公司必須先支付美商至少四百五十萬美元〔其中一百五十萬美元作為前期費用，三百萬美元為支付多項階段性付款費用〕，美商可獲得新公司15%的技術股份；其後產品銷售權利金為營收之8-10%，另有其它相關授權產品階段性付款費用〔每項產品四千二百萬美元〕。除此之外，我方更需負擔美商之前購買TNX-355所耗費的成本。若根據美商條款，新公司資本額將超過原訂五千萬美元規模）；
丙：2007年3月19-21日，因為美商條款超出授權範圍，翁啟惠不能作主，因此與何美玥主委以電話進行商議，討論因應的「對案」原則（研發階段可以不獲利），何美玥主委將此原則透過「第二份公文」單獨向蔡英文副院長提建議，而蔡英文副院長亦對此建議單獨表示同意（若從已解密的二份公文來看：何美玥與蔡英文都未曾將此資訊報告給蘇貞昌知道；而所謂對案原則亦未經蘇貞昌同意）；
庚：2007年8月底至9月3日，美商提出合作的最終條款，約定我方需於9月5日前完成公司設立、資金到位，並以新公司名義與其簽訂正式合約；我方接受該條款，並找了蔡英文家族的台懋生技創投的資金來彌補資金缺口（我方與美商合意的最終條款為何，目前尚未可知）。
既然四者都是事實，而從「甲」發展到「庚」，一定要有行政院的第一層長官（院長）批准，接受了美商的最後談判條款，其後國家發展基金的資金才有可能撥款到位。
那麼，到底是誰授權接受了美商最終版本的談判條款呢？（該條款內容目前不詳）
就道理來說，在「乙」發生的時候，整個案子就應該送請蘇貞昌研判此案是否有繼續談判下去的必要。
因為，儘管談判過程中，雙方難免都會喊價還價，但企業的商業談判畢竟不是買地攤貨，能夠殺價的空間不會太多；所以，根據對方一開始的談判條款，去研判對方的底線大致為何，並以此衡量我方是否有繼續與對方談判的必要，這是談判學的基本常識。
若要達成這個基本常識，當「乙」發生之時，何美玥或蔡英文就應該將最新資訊報告給蘇貞昌，好研究到底我方應該如何作後續規劃。然而，就目前已解密的公文來看，何美玥與蔡英文並沒有將最新資訊報告給蘇貞昌，反而選擇專斷地讓「丙」發生。
「丙」發生於2007年3月21日。在那半個月前，一直到蘇貞昌下台的5月20日之後，剛好正是蘇貞昌登記參選民進黨總統提名初選，與謝長廷開始正式刀刀見骨相互廝殺的時候。
如果單就目前解密的兩份公文來看，從「乙」發展到「庚」的過程中，行政院除了蔡英文與何美玥之外，似乎沒有更高層級的人參與過決策：因為蘇貞昌後來就下台了，而接任的張俊雄則似乎沒有批示過相關的公文。
照常理來說，既然翁啟惠當初與美商的第一次談判並未獲得合意，則何美玥之後總應該將後續的談判進度以及美商提出的最終條款，上呈「第三份公文」（它可以是一份公文，也可以是多份不同時間的公文）向直屬長官行政院報告。
然而，由於我們現在無從得知何美玥上這個「第三份公文」的時間點及其內容為何，甚至我們根本無法肯定何美玥確實上過這個「第三份公文」，因此我們暫時只能就邏輯與常理來分析。
先談一下何以這個「第三份公文」非常重要。
我們知道：2007年3月21日何美玥上呈「第二份公文」。我們也知道：同年5月20日蘇貞昌內閣總辭。
倘若何美玥在當年3月21日到5月20日之間，沒上過「第三份公文」，表示蘇貞昌便無從得知美商開出的最終條款為何；倘若該最終條款的內容與「第一份公文」的「五條件」有所衝突，則蘇貞昌最初的「有條件同意」便不再適用。
因此，除非蘇貞昌在內閣總辭前，曾正式開給宇昌案「無論美商條款為何，我方一律接受」的空白支票，否則何美玥主委一定要再次向蘇貞昌院長報告，並得到正式同意或授權，不然整個宇昌案就不能算是蘇內閣的合法政府投資案。
即便美商的最終條款完全符合「五條件」，照常理而言，何美玥主委仍然應該向蘇貞昌院長報告此事；因為也許我方的想法已經改變了（比方產業政策路線改變，或是我方財政能力無法支應等），又也許我方已經另外找到能滿足我方需求的其它合作企業（例如日商、德商、瑞商等）了。總而言之，這個決定權終究在行政院長手上，而非在何美玥手上。
根據《聯合報》報導：
「至於為何公司沒成立就急著撥款？
何美玥說，翁啟惠與Genentech的談判原不順利，
沒想到八月中突然有重大斬獲，
蔡英文只好出錢出人成立公司，並來函要求撥款。」
而根據中裕新藥（原宇昌生技）自己列出的大事記：
「2007年8月 重啟談判。
2007年8月底 Genentech提出合作條件」
由此可知：我方與美商於2007年8月中旬重啟談判，並於8月底得知美商的最終條款。
然而，早在2007年4月17日，蘇貞昌內閣總辭前，何美玥已經將整個宇昌案，向國家發展基金管理委員會提出報告，並獲得該委員會同意備查；當時，我方與美商的談判處於中斷的狀態，美商也並未提出最終條款。
換句話說：何美玥在不知道談判進度為何，也不確定美商最終條款是否違背「五條件」的時候，便先跟國家發展基金報備：未來國家將會動用政府資金去投資宇昌案；而國家發展基金的管理委員會也在沒有行政院長確切授權的前提下，同意了何美玥的這個報備。
其中值得玩味之處有兩點：
其一：何美玥當時是經濟建設委員會的主任委員，正好就是國家發展基金的負責主管。因此，她與國家發展基金之間的溝通理應順暢無阻，實在沒有必要在尚未取得行政院長正式同意之前，就先去跟國家發展基金報備。這樣作雖然可能沒有違法之處，但卻明顯違背人情與常理。
其二：當時蘇貞昌正在與謝長廷殊死角逐民進黨總統提名人的大位，距離關鍵的黨員投票（5月6日）只剩下半個月。誠如眾所周知：蘇貞昌從3月多開始，在民調與聲勢上，都一路輸給謝長廷；後來謝長廷更是贏得了黨員投票，獲得了最終提名，而蘇貞昌則於5月20日宣布內閣總辭。
當時蘇貞昌聲勢一路落後，何美玥主委選在這樣的時間點，不顧尚未取得蘇貞昌院長的正式同意，就先去跟國家發展基金報備；這或許純然是個巧合，但更可能是因為何美玥擔心夜長夢多，害怕蘇貞昌失勢後中央政府權力重組，屆時再推宇昌案便難以為繼。
無論如何，倘若何美玥無法在前述3月21日到5月20日這段期間上呈「第三份公文」，則整個案子就得由張俊雄內閣負責處理。
誠如前述：美商於2007年8月底告知我方其最終條款。
照說，何美玥主委若未能在當年5月20日之前，上呈「第三份公文」請蘇貞昌院長作出「無條件同意」承諾，則她應該在第一時間把談判的最新進度，上呈「第三份公文」給當時的行政院長張俊雄，報告談判最新進度，並請求俊雄院長同意美商的最終條款。
倘若美商最終條款符合「五條件」，何美玥主委就應該附上蘇貞昌前院長的「第一份公文」，請張俊雄院長鑒核最終定案；
倘若美商最終條款不符合「五條件」，則何美玥主委應該附上翁啟惠等人的說帖，說明此案確實有非過不可的必要，並強調此案美商已不再讓步，好懇請張俊雄院長同意美商的最終條款。
我們知道：時任宇昌生技董事長的蔡英文，於2007年8月31日發函兩封給國家發展基金，請求撥款入帳；而主管國家發展基金的何美玥主委，在收到蔡英文的來函後的當天，馬上同意撥款。
所以，假設這個「第三份公文」確實存在，則其送呈行政院長的時間，必然不晚於8月31日（宇昌去函要求撥款），也不太可能早於3月21日（「第二份公文」）。
倘若行政院長在這段時間內，都未曾收到何美玥上呈的「第三份公文」，而又沒有其它證據足以證明行政院長曾a.事前承諾無條件同意，或b.知悉並同意美商最終條款，則何美玥主委就沒有動用國家發展資金撥款給宇昌生技的權力。
倘若何美玥主委確實沒有得到其直屬長官行政院長的同意，就擅自撥款給宇昌生技，則何美玥就是違反行政，不僅應該被彈劾，還更應該負擔刑事責任。
所以「第三份公文」必須存在，而且其內容必須要有行政院長的授權或同意；否則，何美玥就倒大楣了（蔡英文不一定會因此倒楣，因為黑鍋有何美玥揹）。
為了方便分析，我們可以將已經確認的事實，簡單畫出下列時間線：
甲：2007年2月9-15日，「第一份公文」；
乙：2007年3月14日，翁啟惠等人與Genentech第一次談判；
丙：2007年3月19-21日，「第二份公文」；
丁：2007年4月17日，何美玥向國發基金報告，獲同意備查；
戊：2007年5月20日，蘇貞昌、蔡英文離開行政院；
己：2007年8月中，我方與Genentech重啟談判；
庚：2007年8月底，美商提出合作的最終條款；
辛：2007年8月31日，蔡英文發函二封，要求國發基金匯款；何美玥立刻同意其要求。
壬：2007年9月3-5日，宇昌資金到位（含蔡家資金），並完成公司登記。
癸：2007年9月14日，宇昌與Genentech簽署正式合約。
何美玥最有可能上呈「第三份公文」的時間點有三個：
一、2007年3月22日至4月17日，即「丙」到「丁」。
這時何美玥剛上呈完「第二份公文」，正在等翁啟惠與美商作進一步談判。倘若這段期間談判結果有所進展，她不僅可以把最新進度即時向行政院長報告，並取得行政院長的同意（同意該次談判的美商條款，或甚至預先承諾同意未來一切美商條款）；如此一來，她才有將宇昌案送國家發展基金報備的正當性。
二、2007年4月17日至5月20日，即「丁」到「戊」。
這時何美玥主委雖然在未獲行政院長同意前，便已將宇昌案送國家發展基金報備，但她仍然可以趁著內閣總辭前，就「向國發基金報備宇昌案」一事，向蘇貞昌院長報告，並取得其同意（同意該次談判的美商條款，或甚至預先承諾同意未來一切美商條款）。
三、2007年8月底至8月31日，即「辛」到「壬」。
這時我方與美商終於又重啟談判，並已得知美商的最終條款。何美玥主委應該將此美商最終條款，向張俊雄院長報告，並取得其同意；如此一來，她才正式被授權同意宇昌生技蔡英文董事長的撥款請求。
不過八月「底」，再怎麼早也應該從20日開始算起；所以何美玥最多只有十一天，可以搞定跑文所有的公文流程，包含把這整個案子解釋給完全沒有參與到的張俊雄聽。
自從最近宇昌案爆發以來，幾乎所有提及何美玥的新聞，都一直圍繞在「第一份公文」與「第二份公文」上頭。
但誠如前述：倘若根本不存在「第三份公文」，又或者「第三份公文」並未上呈行政院長批核決行，則何美玥便自始無權同意動用國家發展基金的資金，撥款給宇昌生技。
倘若「第三份公文」自始就不存在，則何美玥與蔡英文但憑蘇貞昌「第一份公文」中「帶有五條件的同意」，便「片面授權談判」、「越權同意美商最終條款」、「擅自左手撥款給右手」的種種欺下瞞上、專斷行徑，不僅有道德瑕疵、行政瑕疵，更有法律瑕疵。
要想證明何美玥與蔡英文的清白，這份「第三份公文」是不可或缺的。
然而這個問題，至今誰都沒有交代清楚；藍綠各說各話，然後信者恆信，不信者恆不信。
至於真相，誰也不關心。
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